会议指出，实施重大科技专项是我国立足现代化发展全局，着眼全球竞争形势，审时度势所作出的战略决策。党的十八大以来，以习近平同志为核心的党中央高度重视生态文明建设和环境保护工作，提出一系列新理念新思想新战略。水专项作为国家重大科技工程和民生工程，要充分利用这一难得的历史机遇，从关键科技问题出发，加快研发一批节水、治污、修复等关键核心技术，进一步提升科技对水污染治理和水环境改善的科技支撑作用。十年来，水专项在“三河三湖”等重点流域开展技术攻关和应用示范，研发了300余项关键技术和集成技术，建成了一批示范工程，获得授权专利1400余项，编制300余项标准和技术规范，基本实现了阶段目标。突破一批关键核心技术，为我国水污染治理和水环境改善提供科技保障；实现一批创新成果应用，支撑重点流域水质改善，推动环保产业发展；凝聚和培养了一大批优秀科技人才，建成一批创新平台和产业化基地。但同时也存在重大突破不够，标志性成果还不够突出，原创性成果少，成果转化不够，产业化水平较低，专家和科研人员投入专项的时间和精力不足，管理能力不足等亟待解决的问题。
    会议强调，“十三五”时期是水专项的决胜阶段，下一步，要重点抓好五方面工作。一是提高思想认识，强化责任担当，为《水十条》和水生态保护提供科技支撑，促进水环境治理体系和能力现代化。二是全力攻关，抓牢抓实标志性成果产出，抓实忌虚，做到有重大关键技术突破,有原理性创新和体系创新。三是面向需求，加快成果转化落地，形成一批整装成套技术、综合解决方案和治理模式，全方位支撑地方“水十条”目标的实现。四是严格落实责任，层层传导压力，各有关方面切实担负起各自职责。五是加强过程管理，严格考核验收，实行季度调度、年度检查和中期评估制度，进一步优化验收考核评价指标体系。水专项工作者务必保持清醒头脑，讲规矩守纪律，增强风险意识，严守廉洁自律有关规定，自觉接受监督。